これは本来、日記の中で使うのではなく、ＨＰのトップページ等、固定的な部分に利用していただこうとオマケ的に置いてある機能ですが、本文に使っていただいてもかまいません。
「ログイン」して一番下の「カウンタメンテナンス」に進むと

あなたのホームページにカウンタを設置するためには、表示したい位置に 「<IMG SRC = "http://www.himekuri.net/cgi/count.cgi?XXXX&dXX">」 というタグを書き込んでください。

という説明があります。
この<IMG SRC = "http://www.himekuri.net/cgi/count.cgi?XXXX&dXX">と言う部分をメモして日記を付けるときに本文に書き込みします。
カウンタの初期値、デザインの変更も 「カウンタメンテナンス」の中でできます。

これは松コースに変更することで利用することができるようになります。
松コースに変更すると「ログイン」→「カレンダー書式変更」の中にカウンターの項目が追加されます。
デザイン、初期値を設定してください。

松コースに変更するには「ログイン」して一番上にある「松コースに変更」を選んで説明に従ってください。